هدفت الدراسة إلى تحليل كلفة الفاقد التعليمي للطالب الخريج في الجامعة الإسلامية بالمدينة المنورة، من خلال منظور مقارن بين الكليات، واستنادًا إلى بيانات فعلية تمثل كامل للطلاب المقبولين في عام 1438هـ في مرحلة البكالوريوس (انتظام حضوري)، مع اعتماد المنهج الوصفي التحليلي المقارن، واستخدام أسلوب "الفوج الحقيقي" لتحليل الأداء الفعلي للطلاب حتى التخرج، وقد أظهرت نتائج الدراسة أن الكفاءة الداخلية الكمية الكلية للجامعة بلغت (81%)، مع تباين ملحوظ بين الكليات؛ حيث حققت الكليات النظرية نسب كفاءة مرتفعة (الشريعة والحديث 85%)، بينما سجّلت الكليات العلمية نسبًا متدنية (الحاسب 48%، العلوم 40%)، وقد تُعزى هذه الزيادة نتيجة لقله الإعداد بالكلية العلمية مقارنة بالكليات الشرعية والنظرية ما يشير إلى فجوة بنيوية في الأداء الأكاديمي بين التخصصات. كما بينت الدراسة أن متوسط كلفة الطالب الخريج الفعلية بلغ (239,877 ريالًا)، مقابل كلفة نظامية مقدرة بـ(207,223 ريالًا)، مما يعني وجود فاقد مالي قدره (32,654 ريالًا) لكل خريج، أي بنسبة (16%) من الإنفاق المتوقع. وقد ارتفعت هذه النسبة لتصل إلى (28%) في كلية الحاسب، و(25%) في كلية العلوم، مقابل (0%) في كلية الهندسة، ما يعكس العلاقة الطردية بين مدة الدراسة الفعلية والتكلفة الاقتصادية النهائية.